Como hacer un Docking en AutoDock

Acá les dejo explicado por pasos cómo hacer un docking sencillo con AutoDock y AutoDock Tools.

Proteasa lista para Docking

- Abres la macromolécula [File => Read Molecule]
- Agregas todos los hidrógenos [Edit => Hydrogens => Add => All hydrogens]
- Quitas los hidrógenos no-polares [Edit => Hydrogens => Merge Non Polar]
- Le das color a tu molécula [Color => Atom Type => Lines] (opcional)
- Escondes a tu macromolécula [Display => Show/Hide Molecule]
- Cargas el ligando [Ligand => Input => Open]
- Escoges un centro de torsiones [Ligand => Torsion Tree => Detect Root]
- Escoges los enlaces rotables [Ligand => Torsion Tree => Choose Torsions]
- Guardas tu ligando [Ligand => Output => Save as PDBQT...]
- Comienzas a armar el Grid escogiendo tu macromolecula [Grid => Macromolecule => Choose...]
- Guardas tu macromolécula [cuadro de diálogo que aparece después de escogerla]
- Abres tu ligando [Grid => Set Map Types => Open Ligand...] (el pdbqt que habías guardado antes)
- Defines tu caja para el grid [Grid => GridBox...]
- Guardas tu archivo de grid [Grid => Output => Save GPF...]
- Corres tu grid [Run => Run AutoGrid... => Launch]
- Limpias tu área de trabajo [Edit => Delete => Delete All Molecules]
- Preparas el docking empezando por abrir y escoger la macromolécula [File => Read Molecule ] [Docking => Macromolecule => Set Rigid Filename...] (cargas la macromolécula que habías guardado en pdbqt)
- Preparas el ligando [Docking => Ligand => Open...]
- Escoges y configuras el método de búsqueda [Docking => Search Parameters => Genetic Algorithm] (depende de la corrida que quieras hacer)
- Configuras los parámetros de docking [Docking => Docking Parameters...] (es recomendable que calcule cargas electrostáticas)
- Guardas el archivo de docking [Docking => Output => Lamarckian GA(4.2)...]
- Corres el docking [Run => RunAutoDock... => Launch]

Acá les dejo una presentación muy sencilla de cómo se procedió en el tutorial: Presentación del Tutorial

Y el tutorial como video de youtube:
Tutorial Parte 1
Tutorial Parte 2

Presentaciones de Docking

Les dejo las presentaciones que pasé en el curso.

Docking on HIV Protease

Presentación de Docking
Presentación del Software en QC

Matriz de Reflexión

Solo un espejo ...?

Hola de nuevo. Como era de esperarse, en el curso de matemática dejaron un nuevo proyecto en donde se mostrara el uso de eigenvalores y eigenvectores. Esto a travez de un ejemplo libre y modelado mediante un programa. El ejemplo escogido fue el de la matriz de reflexión. El programa fue escrito en python y queda acá para todos.

Acá les dejo el Código Fuente, el Código Fuente en PDF y el Trabajo Escrito.

Solución de Sistemas de Ecuaciones por Matrices

Una Matriz

Bueno,
Otra vez de regreso a los proyectos de mate. En este caso se pidió un programa que pudiera resolver sistemas de ecuaciones por medio de matrices. Cualquier método matricial (Gauss, Gauss-Jordan, Cramer, …) se podía utilizar para lograrlo. El programa fue desarrollado en Python y utiliza el método de Gauss-Jordan.

Acá les dejo el Código Fuente, el Trabajo Escrito y el Código Fuente en versión PDF.

Carbonilos

Grupo Carbonilo

Este es un trabajo que nos dejaron hacer en el curso de Química Orgánica 2. Es un poco extenso, pero cubre prácticamente mucho de lo que se refiere a reacciones de carbonilos. Cualquier comentario es bienvenido.

Trabajo Monografico

Como siempre, si van a utilizar alguna parte de este trabajo, solo les encargo me mencionen dentro de sus bibliografías por favor.

Método de Mímimos Cuadrados

Método de Mínimos Cuadrados

Como otro trabajo que se tuvo que realizar para el curso de matemática, terminé con la primera parte de la deducción del método de míminos cuadrados (también conocido como regresión lineal). El documento lo presento a continuación aunque pienso hacer una última modificación en los próximos días: la deducción algebráica completa. Eso sin embargo me tomará más tiempo, por ende, acá les dejo lo que llevo. Este contiene un preámbulo y tanto el método por cálculo como el algebráico para llegar a la solución.

Minimos Cuadrados

Espero que le sirva a alguien, sin embargo, solo les pido que si van a utilizar esto, me mencionen en sus bibliografías por favor.

Condensaciones

Condensaciones Malónica, Acetoacética y de Stobbe

Para estrenar el blog, se me había ocurrido subir alguno de los trabajos que recientemente he hecho. Como ninguno me parecía lo suficientemente bueno, subí el primero que me encontré de todos. Esta es una presentación sobre el mecanismo de reacción de la condensación Malónica, Acetoacética y de Stobbe. Es para el curso de química orgánica 2.

Condensaciones

Si le sirve a alguien, solo les encargo que me mencionen en su bibliografía por favor.

El Principio

Bueno, yo no soy fan de los blogs, no lo era y no creo que vaya a serlo. Estoy empezando este pequeño proyecto de mantener un blog por algunas razones. La primera es organizar un poco toda la información sobre mi que hay volando por alli por Internet. La segunda es un experimento que me sugirió un amigo: mantener los avances de mi carrera en un blog. Y la tercera es que … creo que necesito un espacio de expresión aunque nadie lo lea, hahaha. Bueno, en ese caso comienzo este blog con los links a mis perfiles principales y con grandes expectativas. Veremos qué me depara este pequeño proyecto.

Saludos a los lectores.